كما تثار قضية أصول والدة السلطان محمد الفاتح، إذ يقال إنها كانت مسيحية، وهو ما ترفضه المصادر التركية بشدة، مصرةً على أنها كانت مسلمة. هذا الجدل يعكس جزءًا من الجهود المبذولة لصناعة تاريخ مقدس للسلطان، حيث يُعتبر هذا التفصيل مهمًا في سياق تقديمه كأمير مسلم مبشر بفتح القسطنطينية.

وأكثر من ذلك، هناك آراء تشير إلى أن السلطان محمد الفاتح ربما مال إلى المسيحية، حيث تبادل الرسائل مع بابا الفاتيكان، وهو ما يرفضه المؤرخ أحمد آق كوندز، معتبرًا إياها محاولات فاشلة من جانب البابا للتأثير على السلطان. ويرى كوندز أن اهتمام الفاتح بالفنون المسيحية كان تعبيرًا عن احترامه لعقائد رعاياه المسيحيين.

من الأمور الأخرى المثيرة للجدل هي بداية تأثير “الحريم” في السياسة العثمانية مع إنشاء قصر طوب قابي في عهد محمد الفاتح، حيث ظهرت “دائرة الحريم” التي لعبت دورًا متزايدًا في الشؤون الخاصة والعامة. ويشير البعض إلى أن زواج السلاطين من الجواري منذ عهد الفاتح قد أسهم في هذا التدخل المتزايد.

وفي النهاية، يُغفل البعض النظر إلى حال الدولة العثمانية في نهاية عصر محمد الفاتح، مركّزين على تصويره كـ”الأمير المبشر”. بينما تشير المصادر الأوروبية إلى أن السلطان ترك وراءه إمبراطورية واسعة لكنها منهكة، وجيشًا متعبًا وشعبًا تحت ضغوط كبيرة، ما أدى إلى ظهور صراعات داخلية بعد وفاته.