لم تكن الهزيمة المريرة في وادي الصفراء لتمر هكذا، فقد عزم العثمانيون على معاقبة المدينة المنورة وساكنيها؛ إذ تم حصارها أشد حصار دون مراعاة لحُرمتها، ولا قداستها، ولا حرمة ساكنها عليه الصلاة والسلام.

الجيش العثماني لم يكتفِ بالأعمال العسكرية، بل ذهب إلى النهب والسرقة والانتقام من المدنيين العُزَّل، حين قام بفرض حصار قاسٍ على المدينة، مانعًا عنها الطعام والماء، بعد أن نُصِبت عليها المدافع بقنابلها المُدَمِّرة، غير مُبالِين بالمدنيين الأبرياء من كبار ونساء وأطفال.

الممرات العثمانية عبر رُفاة الصحابة في البقيع:

بعد أن استعصت المدينة المنورة على القوات العثمانية بأسوارها وقوة تحصينها، أمر قائد الحملة طوسون وأحمد بونابرت قواتهما بحفر سراديب تحت أسوار المدينة من جهة البقيع، دون مراعاةٍ لمكانتها واحتوائها على رفاة صحابة رسول الله صلى الله عليه وسلم، وذلك من ناحية قلعة البلد، وجعلوا فيها البارود، وأشعلوا النيران فانهارت الأسوار، واندفعت القوات العثمانية بعسكرها وخيولها على من كان فيها، وقد كان بالمدينة المنورة حامية سعودية مشكلة من مقاتلين من جميع البلدان السعودية، وضعهم فيها إمام الدولة السعودية الأولى سعود بن عبد العزيز أثناء عودته من الحج،  بعدما علم عن مخطَّط العثمانيين لغزو المدينة المنورة، وقُدِّرت تلك القوة بسبعة آلاف من المقاتلين ممن يُسمَّون “قوات الرباط”، وذلك تحسبًا من هجوم عثماني محتمل على المدينة.

خلال المعركة الطاحنة فُتحت أبواب المدينة، فانكسرت القوات السعودية المرابطة فيها، وانهارت صفوفهم، وكثُر القتل فيهم عند فجوة السور المنهار، وبسبب عدم تكافؤ الجيشين والمعدات الحديثة التي كان يمتلكها الجيش العثماني، انحصر المرابطون السعوديون إلى قلعة المدينة المحصَّنة، لتُلاحِقهم قوات طوسون باشا، وتبدأ في ضرب القلعة بالمدافع، حتى طلب من كان فيها المصالحة بعد فترة من الحصار، فأنزَلوهم منها بالأمان على أن يغادروا المدينة، فغادروها بعد شهر من بدء المعركة التي امتدت من منتصف شهر شوال إلى منتصف ذي القعدة من العام الهجري (1227هـ)، وقد مات بعد خروجهم كثير منهم جوعًا ومرضًا، وقد قُدِّرت خسائر الحامية السعودية بأربعة آلاف قتيل، جُلُّهم من أهل عسير وبيشة والحجاز وجنوبه وأهل نجد، كما تم أسر حاكم المدينة المنورة المُعين من قِبَل الإمام؛ الفارس سعود بن مضيان، وأُعدم في إسطنبول.