إلا أن أهم الهجرات الجماعية كانت في عهد بايزيد الثاني، الذي رغم فشله في إنقاذ مسلمي الأندلس، إلا  أنه نجح في إنقاذ يهود شبه الجزيرة الإيبيرية. وحول هذه النقطة يقول المؤرخ الأميركي ستانفورد ج. شو: “لا يستطيع أي باحث مُنصف أن يُنكر دور السلطان بايزيد الثاني في إنقاذ يهود جزيرة إيبيريا من الفناء الكامل في أفران محاكم التفتيش”.

إن التدقيق في المُعطيات التاريخية، يفيد بأن بايزيد الثاني لم ينقذ اليهود بالمفهوم الظاهر للمصطلح، وإنما رحّب بهم بعد تهجيرهم من طرف ملك إسبانيا فرديناند، الذي طرد أكثر من ثلاثمائة ألف يهودي من إسبانيا سنة (1492)، ثم قام بطردهم من البرتغال.

ولعل مكانة بايزيد الثاني في قلوب اليهود راجعة إلى كونه كان متحمسًا لاستقبال اليهود في دولته، بالنظر إلى براعتهم في مجال المال والأعمال، هذه الميزات السلوكية دفعت بالسلطان العثماني إلى إصدار فرمان يقضي بأن يعمل الموظفون العثمانيون الرسميون كل ما في وسعهم لتسهيل دخول اليهود للحدود العثمانية، وتطبق عقوبات صارمة ضد الذي يضر المهاجرين بأي شكل أو يعاملهم معاملة سيئة.

وإذا كان عهد بايزيد الثاني هو عصر إنقاذ اليهود واستقبالهم، فإن فترة حكم سليمان القانوني اعتبرت العصر الذهبي للصهيونية اليهودية، حيث شكّلت سياسة سليمان استمرارًا لسياسة بايزيد الثاني في استقبال اليهود، الذين أدخلوا العثمانيين إلى مناطق غير  خاضعة للأتراك، كما حدث حين خرج وفد من اليهود برئاسة شخص يدعى جوزيف بن سالومون إسكنازي من مدينة بودا بالمجر، واستقبلوا سليمان القانوني خارج المدينة وسلّموه مفاتيحها بلا قيد ولا شرط، ليصدر السلطان العثماني فرمانًا يعفي سالومون وسلالته من أداء جميع أنواع الضرائب.

لم يقف دعم سليمان القانوني اليهود عند هذا الحد، بل تعدى ذلك إلى مساعدتهم في تأسيس أول كيان يهودي لهم في مدينة طبريا، حيث تناولت المصادر اليهودية هذا الدعم بكثير من التفصيل، بينما حاولت المصادر العثمانية جاهدة نفي هذا الدعم، وتبرئة ذمة سليمان القانوني من هذه الخيانة، وهو ما يدفع إلى المزيد من البحث والتنقيب بين المصادر، لتسليط الضوء حول هذه النقطة الخطيرة، التي كانت لها إسقاطات خطيرة على التراكمات التاريخية التي أدت إلى التمهيد لهجرة اليهود نحو فلسطين.