ضاقت الدائرة على فخري، إذ أصبح ينافح القوات العربية المُحاصِرة له، والهزيمة النفسية بين أفراد حاميته، وضغوطات حكومته عليه بضرورة التسليم، خاصًة بعد أن أُرسل أحد ضباط السلك الديبلوماسي العثماني كي يقنعه بأوامر حكومته، وتحت وطأة هذا الوضع انقسمت الحامية إلى من كانوا يؤيدون أوامر الحكومة، وقلةٍ ممن وقفوا مع فخري خوفًا منه، حتى أصبح هنالك عصيان في الحامية وبدا الانقسام واضحًا؛ فاضطر فخري إلى أن يتحصن بالحرم النبوي وهو في حال عصيبة حادَّة، إذ يذكر قاندمير أنه جلس فوق صنادق من الذخائر والمتفجرات التي كانت في فناء الحرم، وهدَّد بإشعالها إذ تم الهجوم عليه من أفراد حاميته. وبذلك فإن فخري نقل مقر قيادته إلى داخل الحرم النبوي مع بعض أركان حربه المؤيدين له، وعمد إلى تعبئته بشحنات من الأسلحة والقنابل اليدوية والديناميت المتفجر مع كميات كبيرة من الذخيرة، إضافةً إلى أنه عبَّأ المخازن في الحرم بالأغذية المُعلَّبَة والخبز المجفف، لأنه عقد العزم على المقاومة، وأعطى أوامره إلى ضُباطه الذين معه بأن يكونوا متسلحين، ثم أغلق أبواب الحرم بعد أن زرع الطُّرُق إليه بالألغام المتفجرة، كما هدَّد بأنه طوَّق الحٌجرة النبوية بالمتفجرات، وبأنه لن يتردد في تفجيرها إذا ما تم الهجوم عليه.