شيخ الإسلام في زمن الفاتح بقيت مرجعية مركز شيخ الإسلام خارجة عن مؤسسات السلطة الحاكمة، بمعنى منذ نشأة الدولة العثمانية وحتى النصف الأول من القرن الخامس عشر، أي إلى عام 1351هـ/1451م، حيث كانت السلطة ترجع فيما يعترضها من فتاوى لجمهرة من علمائها الذين تُعتبر لهم مكانة عندهم. وكانت الأعراف متمكنة منهم في تلك الحقبة، واستمرت حتى بعد إنشاء مركز شيخ